Préfecture de la région Franche-Comté
 Conseil régional de Franche-Comté
Six fois ministre, deux fois président du Conseil des ministres, sénateur, député, Edgar Faure fut l'ambassadeur de la Franche-Comté. C'est d'ailleurs grâce à son intervention que les quatre départements qui la composent ne furent pas rattachés à la Bourgogne. À sa mort en 1988, l'UDF Pierre Chantelat, jusqu'alors premier vice-président du conseil, lui succède à la tête de l'institution. Il obtient un deuxième mandat en 1992. Les élections de 1998 placent droite et gauche à égalité en nombre de sièges (17). L'UDF Jean-François Humbert est élu président avec les voix des élus du Front national. Il refuse ces suffrages et démissionne. Il est réélu quelques jours après, suite à l'abstention des élus de gauche. Jusqu'à 2004, la région est gouvernée selon un accord de bonne conduite entre la gauche et la droite excluant le FN. La liste PS-Verts-DVG conduite par l'ancien président de l'Assemblée nationale, Raymond Forni, remporte la victoire lors des régionales de 2004 avec 46,7 % par 10 points d'avance sur la liste UMP. Le Front national obtient 17,1 % des voix.
 Tribunal administratif de Besançon
 Chambre régionale des comptes de Franche-Comté
 Chambre régionale d'agriculture de Franche-Comté
 Chambre régionale de commerce et d'industrie de Franche-Comté
 Chambre régionale de métiers et de l'artisanat de Franche-Comté